ولما وصل الى مصر نبأ اغارة المغول على بغداد وقتلهم الخليفة العباسى المستعصم بالله اجتمع العلماء والقواد وخلعوا نور الدين وأقاموا الملك المظفر قطز سلطانا على مصر فبادر لصد غارات المغول عنها وخرج على رأس جيش كبير وهزم زعيمهم هولاكو فى موقعة عين جالوت ( بليدة بين بيسان ونابلس من أعمال فلسطين ) ويرجع الفضل فى هذا الانتصار الى بيبرس أحد قواد المماليك الذى لم يلبث أن ازداد نفوذه وتولى الحكم وفى عهده انتقلت الخلافة العباسية الى القاهرة بعد أن زالت من بغداد سنة 656 هـ (1258 م) .
